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計畫摘要

1070635：番茄核心種原之建立
(1)完成番茄SNP基因型分析；(2)完成番茄核心種原建立。

1070635：重要性狀外表型篩選平台之建立
（1）第二階段大豆基因體樣品製備；（2）第二階段大豆樣品之基因型分析；（3）建置蔬食大豆目標性狀 (耐寒、常綠豆莢、大粒種子及機能性) 生物資訊學整合分析平台之基因型資料；（4)建置GWAS資料品質管制最適化平台及所需族群；（5）建立大豆重要性狀資料庫。

年度目標

台灣的種苗産業雖然目前尚能供應優質種苗，在國際市場競爭中，佔有一席之地。但近來歐美國家及大陸，大量投資於種苗研發，並引進先進技術，加快新穎種苗育種的速度。尤其，大陸因應戰略的布局，早已在深圳成立農業基因組研究所，進行基因體學、農業分子育種、農業與食品全基因體等領域的科學研究，擬提升該國的農業生物技術自主創新與國際競爭力。反觀台灣，目前仍無系統性的盤點核心收集 (core collection)，而產業仍多用傳統育種方法或是低階分子育種技術。所以，如不再投資建立高科技且具系統性之基因體研究平台與發展快速精準育種技術，台灣種苗產業在未來的國際市場上，可能喪失原有的競爭優勢。因此，本計畫將針對國家種原庫中現有的番茄及蔬食大豆 (毛豆) 種原，一方面導入新型次世代定序及SNP基因型分析技術，並整合大數據/生物資訊學分析團隊，建立原種原收集的1/10，卻仍保有80%遺傳歧異度之核心種原，以降低種原篩選及種原庫維護的難度，並活化種原的利用效率。另一方面，加速重要作物種原基因體序列解讀及生物基因序列資訊化，同時結合核心種原的外表型調查與累積資料，建構核心種原外表型及基因體資料庫，並進行定位或關聯性定位分析，以快速精準探索重要性狀的參與基因，進而開發重要性狀功能性分子標誌。另一方面，借助前期建立新型基因體次世代定序及基因分型分析平台，進一步發展基因組選拔基礎之快速精準育種平台，冀能大幅提升番茄及毛豆新品種開發的速度與廣度，進而提升台灣農業的國際競爭力。

重要執行成果

工作項目： 1070635-001 番茄核心種原之建立-針對國家作物種原庫所保存的番茄種原，以及種苗業者所提供的育種品系，應用高通量次世代定序技術，建立全部種原收集系之SNP基因型，以作為後續建立核心種原的依據。4992品系
工作項目： 1070635-001 番茄核心種原之建立-依據所獲得的SNP基因型資料，進行遺傳距離評估，篩選建立可代表原始種原收集歧異度的「核心種原」。1式
工作項目： 1070635-002 重要性狀外表型篩選平台之建立-利用PlantEye表型溫室分析平台，針對適當大豆品系進行表型體分析165筆
工作項目： 1070635-002 重要性狀外表型篩選平台之建立-整合蔬食大豆目標性狀之基因型及外表型資料，建立GWAS資料品質管制最適化平台，作為後續建立分子標誌開發之基因型分析平台之基礎。1式
工作項目： 1070635-002 重要性狀外表型篩選平台之建立-持續構建大數據分析所需之硬體與軟體整合平台；整合蔬食大豆目標性狀之基因型資料庫，作為後續建立分子標誌開發之基因型分析平台之基礎；針對核心種原，分別進行耐寒、異黃酮含量分析。3055筆
工作項目： 1070635-002 重要性狀外表型篩選平台之建立-持續針對大豆核心種原品系，進行全基因體SNP基因型分析1000品系
工作項目： 1070635-002 重要性狀外表型篩選平台之建立-自前期建置5000個品系，持續利用外表性狀資料，繼續收斂族群大小，並維持70-90%遺傳歧異度。1式